Los científicos de TGAC han puesto a prueba el secuenciador MinION de Oxford Nanopore con una herramienta de análisis de genoma de código abierto basada en la alineación de secuencias llamada 'NanoOK'.
NanoOK es la primera herramienta de código abierto que proporciona un control de calidad integral basado en la alineación y un análisis de perfil de error para la plataforma MinION. La salida principal de NanoOK es un informe PDF detallado con gráficos y tablas de datos de análisis de muestra. Los gráficos individuales también están disponibles paraincluir en publicaciones y presentaciones y los datos en bruto están disponibles para que los usuarios realicen análisis personalizados adicionales.
La herramienta actualmente admite cuatro alineadores Nanopore populares pero es fácilmente extensible a través de una interfaz de programación Java. También maneja el muestreo metagenómico con gracia, debido al soporte para múltiples secuencias de referencia y el informe de salida PDF se beneficia de las capacidades gráficas del lenguaje de programación R, por ejemplo:informe de un vistazo de grandes volúmenes de datos.
El MinION es un dispositivo compacto y portátil, más pequeño que un control remoto de TV típico y produce lecturas largas en el rango de longitud de kilobase. Un dispositivo conectado por USB, su tamaño compacto y portabilidad lo hace ideal para trabajos de campo de investigación de bajo costo.El perfil completo de errores basado en la alineación permite a los investigadores comprender la calidad de los datos, el efecto de diferentes herramientas de alineación y comprender el efecto de las actualizaciones de la química y el software de MinION.
El autor principal, el Dr. Richard Leggett, Líder del Proyecto en el Grupo de Infraestructura de Datos y Algoritmos en TGAC, dijo: "La velocidad de cambio dentro del Programa de Acceso MinIon MAP es rápida y una herramienta como NanoOK puede ayudar a los investigadores a comprender y evaluarcambios. Esto será crucial a medida que se implementen las actualizaciones anticipadas, como el 'modo de ejecución rápida' anunciado en el evento de mayo de Oxford London Calling de Oxford Nanopore ".
"NanoOK proporciona un análisis exhaustivo basado en la alineación de las lecturas de Nanopore a través de una interfaz simple y fácil de usar. Durante nuestro progreso a través del MAP, hemos encontrado que es una herramienta invaluable para comprender los datos que surgen del secuenciador y creemos quetendrá una amplia aplicabilidad a otros grupos que trabajan con MinION ".
El documento, titulado: NanoOK: análisis de alineación de referencias múltiples de datos de secuenciación de nanoporos, calidad y perfiles de error se publica en Oxford Journals Bioinformática .
TGAC está financiado estratégicamente por BBSRC y opera una Capacidad Nacional para promover la aplicación de la genómica y la bioinformática para avanzar en la investigación e innovación en biociencia.
Fuente de la historia :
Materiales proporcionado por El Centro de Análisis del Genoma . Nota: El contenido puede ser editado por estilo y longitud.
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